Die Erzeugung von Biogas aus nachwachsenden Rohstoffen und organischen Reststoffen wird auch in Zukunft in Deutschland zum Erreichen der Ziele der Energiewende eine wichtige Rolle spielen. Eine optimale Prozess-Führung, -Kontrolle und -Kenntnis ist dabei unerlässlich, um den Biogasprozess so effektiv wie möglich zu gestalten. Gängige Substrate wie Mais und Gülle führen immer häufiger anthropogene Verunreinigung wie Pestizide, Antibiotika und veterinäre Desinfektionsmittel mit sich. Es muss daher sichergestellt sein, dass diese anthropogenen Stoffe weder eine Belastung für die mikrobiologischen Prozesse darstellen noch eine Gefährdung von diesen für Mensch und Umwelt ausgehen. In der vorliegenden Arbeit sollten Kenntnisse über den Einfluss von anthropogenen Stoffen auf den anaeroben Vergärungsprozess anhand von Laborversuchen erlangt werden. Als relevante anthropogene Stoffe wurden die aktiven Bestanteile von veterinären Desinfektionsmitteln, quaternären Ammoniumverbindungen, und das Pestizid Glyphosat getestet. Hierbei wurden neben der Betrachtung der Biogasproduktion anhand von Fettsäureprofilen die beeinflussten Gruppen von anaeroben Mikroorganismen ermittelt. Erweiternd zu vorangegangenen Studien sollte für die Gruppe der quaternären Ammoniumverbindungen getestet werden, ob Mischungen von mehreren Substanzen einen verstärkenden (synergistischen) Effekt aufweisen. Ferner wurden Abbau- und Adsorptionsversuche durchgeführt, um das Umweltverhalten dieser Stoffe zu simulieren. All dies erforderte sensitive, substanzspezifische Analysenverfahren aus biologischen Matrices, welche im Rahmen dieser Arbeit weiterentwickelt und validiert wurden. Die Versuchsergebnisse zeigen, dass von Glyphosat und seinem Metaboliten Aminomethylphosphonsäure (AMPA) für den zu erwartenden Konzentrationsbereich keine Beeinflussung der mikrobiologischen Prozesse zur Biogaserzeugung aus gehen. Jedoch zeigten die quaternären Ammoniumverbindungen bereits bei deutlich geringeren Konzentrationen (1 bis 5 mmol·L-1) einen Einfluss auf die anaeroben Mikroorganismen. Außerdem konnten für diese Substanzen synergistische Effekte festgestellt werden (0,1 bis 0,01 mmol·L-1). Dies ist besonders kritisch, da quaternäre Ammoniumverbindungen in diesen Konzentrationsbereichen (0,01 mmol·L-1) bereits in Biogasanlagen nachgewiesen wurden. Ein wichtiges Ergebnis dieser Arbeit ist, dass gezeigt wurde, dass die Hydrophilie der quaternären Ammoniumverbindungen über die Toxizität dieser Stoffe entscheidet, die mit steigender Membranlöslichkeit zur Zelllysis führen. Dies betraf vorwiegend die Archaeen. Ein Abbau dieser Substanzen konnte nicht festgestellt werden. Der hohe Eliminationsgrad der Substanzen wurde auf Adsorption zurückgeführt. Die Ergebnisse und die daraus gezogenen Schlüsse zum Einsatz von quaternären Ammoniumverbindungen können für Betreiber von Biogasanlagen als Verfahrensvorschläge verwendet werden