Dynamische DNA-Nanotechnologie repräsentiert eine innovative Methodik biomimeti-sche Nanostrukturen mit zunehmender Komplexität und Präzision aufzubauen. Ein großer Vorteil bei der Verwendung dieser Technik liegt in der gesamten räumlich und zeitlich kontrollierbaren Steuerung der Systeme im Nanometerbereich. Die Konfigu-rierbarkeit der Strukturen wurde in dieser Arbeit über sogenannte DNA Haarnadel-motive gesteuert. Mit Hilfe von temperaturabhängiger Förster-Resonanzenergietransfer (FRET) Spektroskopie war es somit möglich, die mechani-sche Kapazität und die Energie integrierter Ensembles dieser DNA Motoren innerhalb eines DNA Origami Systems zu bestimmen. Das Ergebnis ist ein neuartiges Modell, welches die Energielandschaft der Haarnadelmotive beschreibt. Dafür wurde das Nearest-Neighbor Modell, welches die thermodynamische Energie des DNA-Duplexes in der offenen Haarnadelform beschreibt, mit der freien entropischen Ener-gie der Einzelstrang DNA (geschlossene Form), die mittels des Worm-like Chain Algorithmus bestimmt wurde, miteinander kombiniert. Das gewonnene Verständnis über die Steuerung und Manipulation molekularer Kräfte ist essentiell und fundamen-tal für die Entwicklung und Konstruktion anspruchsvollerer Nanomaschinen und ge-währt zudem Einblick in die Funktionsweise komplexer molekularer Prozesse. Weiterhin war es möglich, durch die Verwendung dieser Methodik, strategisch zwei spezifische DNA Aptamere (TBA1 und TBA2) innerhalb eines DNA-Origami Rahmens zu integrieren, welches die Einkapselung der Serin Protease Thrombin ermöglichte. Die entwickelte Nanofabrik erlaubte somit die 1:1 host-guest Komplexierung ohne die natürlichen Eigenschaften des Proteins zu verändern, welches vergleichbar mit na-türlichen Kompartiment Systemen ist. Die Ergebnisse der Analysen zeigten, dass die Bindungsaffinität der Aptamer Liganden zum Protein innerhalb des Origami Systems und die katalytische Aktivität von Thrombin stark erhöht werden konnten und dass die geometrische Integration der Liganden eine effektive Methodik für die selektive Komplexierung und Manipulation eines gewünschten und vorher ausgewählten Pro-teins darstellt. Zusammenfassend konnte in dieser Arbeit das hohe Potential der DNA Nanotechnologie für die Konstruktion programmierbarer, bioinspirierter und künstlicher Nanokompartimentsysteme bewiesen werden, die für die Speicherung und den Transport spezifischer Materialien/Proteine zu definierten Zielorten innerhalb der Zelle verwendet werden können.