Die primäre Vaskulitis des zentralen Nervensystems (PCNSV) ist eine sehr seltene und bislang unzureichend verstandene Erkrankung mit einer Entzündung und Zerstörung der mittleren und kleinen Gefäße ausschließlich des zentralen Nervensystems, deren klinische Präsentation unspezifisch und Diagnosesicherung schwierig und invasiv ist. Ziel dieser Untersuchung war heraus zu finden, ob sich innerhalb eines Kollektivs mit der Zuweisungsdiagnose PCNSV klinische, diagnostische oder genetische Faktoren prädiktiv oder protektiv für eine PCNSV erweisen. In 36,2% wurde die Diagnose einer PCNSV gesichert (72% bioptisch, 28% angiographisch), in 63,8% fand sich eine andere Erkrankung. Anhand der klinischen Symptomatik konnte nicht zwischen einer PCNSV und ihren Differentialdiagnosen unterschieden werden, ein schlechteres klinisches Outcome war jedoch assoziiert (p = 0.005). Die Untersuchungsergebnisse waren mit den in der Literatur für PCNSV vorbeschriebenen kongruent, jedoch nur in der Zusammenschau geeignet, die Differentialdiagnosen abzugrenzen. Statistisch signifikant zwischen den Kollektiven unterschieden Biopsieergebnis (p = 0.004), Kontrastmittelanreicherung (p = 0.000) oder tumorartige Massenläsion (p = 0.008) in der Magnetresonanztomographie (MRT), intrathekale IgG-Erhöhung (p = 0.020), unauffälliger Duplexbefund der Hirnarterien (p = 0.022) und die Befundung der Angiographie (p = 0.010) durch einen erfahrenen Neuroradiologen. Prädiktive genetische Assoziationen im Humanen Leukozyten Antigen (HLA) im PCNSV-Kollektiv vs. Allgemeinbevölkerung zeigten sich für HLA-A*69 (p = 0.002). Potentiell prädiktiv, da auffällig aber statistisch nicht signifikant, waren HLA-B*49 und DRB1*03, in diesem Sinne potentiell protektiv war HLA-DRB1*01. Um HLA-assoziierte prädiktive und vielleicht auch protektive Faktoren, die ein wichtiger diagnostischer Baustein sein könnten, zu bestätigen oder zu widerlegen, ist eine Untersuchung mit höherer Fallzahl erforderlich. Aufgrund der Seltenheit der Erkrankung könnte diese nur multizentrisch und bei einheitlichen Diagnosestandards generiert werden.