Biomoleküle können auf Basis ihrer Struktur, ihrer Dynamik oder der von ihnen eingegangenen Wechselwirkungen bzw. Funktion betrachtet werden. Die drei klassischen Verfahren der biomolekularen Modellierung, die für solche Untersuchungen verwendet werden sind die Homologie Modellierung, das Docking unddie Molekulardynamiksimulation (MD). In dieser Promotionsarbeit sollen diese drei Verfahren etabliert, angewendet und mit anderen Verfahren, wie elektrostatischen Modellen, Signifikanzanalysen, Clusteranalysen und Varianten der Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (MMPBSA) Methode, weiterentwickelt werden, um die nachfolgenden Fragestellungen in drei biomolekularen Systemen zu untersuchen. Im ersten Fall werden verschiedene Glucose Dehydrogenase Isoenzyme des hyperthermophilen Archaeon Sulfolobus solfataricus untersucht und ihre Substratspezifität wird miteinander verglichen. Das Basisverfahren ist hier die Homologie Modellierung. Sie wird durch ein elektrostatisches Modell und ein Docking erweitert, um ein tieferes Verständnis ihrer Wechselwirkungen mit den Substraten zu erhalten. Im zweiten Fall wird die Chitinase B des Enterobakteriums Serratia marcescens mit bekannten Inhibitoren untersucht. Hier bildet das Docking die Grundlage und wird unter anderem mit dem MMPBSA Methode erweitert. Im letzten Fall werden verschiedene SH3 Domänen mit ihren Peptidliganden mittels MD untersucht. Die Simulationen werden dabei mit Signifikanzanalysen statistisch verglichen und geclustert. Daraus ergeben sich Strukturmodelle, die mit höherer Wahrscheinlichkeit zutreffen als Modelle, die mit gängigen Verfahren erzeugt werden.