@PhdThesis{duepublico_mods_00035882,
  author = 	{Ong'ondo Mr, Geoffrey Odhiambo},
  title = 	{Molecular microbial eukaryote diversity in five rift valley lakes and description of three ciliates species from lake Bogoria, Kenya},
  year = 	{2016},
  month = 	{Oct},
  day = 	{14},
  keywords = 	{Microbial eukaryotes; ciliates; Rift valley lakes; protists; molecular diversity},
  abstract = 	{Die molekulare Diversit{\"a}t, Phylogenie und taxonomische Zusammensetzung von Protisten-Gesellschaften aus f{\"u}nf Rift Valley Seen in Kenia wurden mit klassischer Mikroskopie und der 454 Pyrosequenzierungs-Technik untersucht. Insgesamt erhielt ich 96.555 Amplikons (Durchschnittsl{\"a}nge 250 bp), von denen 33,8{\%} Metazoen und andere Nicht-Zielorganismen waren. Die restlichen eukaryotischen Amplikons wurden taxonomischen Einheiten (operational taxonomic units -- OTUs) zugeordnet, die durch den besten Treffer f{\"u}r jedes Amplikon des Basic Local Alignment Search Toolf{\"u}r Nukleotide (BLAST) in der National Center for Biotechnology Information Datenbank (NCBI) definiert wurden. Die taxonomische Vielfalt der Protisten war hoch und die 18s-rRNA-Amplikons wurden neun hochrangigen taxonomischen Gruppen zugeordnet. Die 746 eingruppierten OTUs hatten eine {\"U}bereinstimmung mit den Referenzsequenzen von 97{\%}. Die meisten gefundenen Sequenzen wurden den Alveolata zugeordnet (27,2{\%} der Gesamtsequenzen, zumeist Ciliophora). Weitere taxonomische Gruppen, denen viele Sequenzen zugeordnet wurden, waren: Stramenopiles (14,2{\%}), Fungi (11,2{\%}), Chlorophyta (11,1{\%}) und Cryptophyta (9{\%}). Auch nicht weiter klassifizierte Sequenzen (unclassified environmetal Sequentes -- ES) machten mit 13,2{\%} einen gr{\"o}{\ss}en Teil der Gesamtsequenzen aus. Nach der Analyse {\"u}ber rarefaction ergab sich bei einem Level von je 1000 Einzelsequenzen eine Zuordnung zu 13 bis 148 OTUs pro Probe. Die Diverstit{\"a}t der Protisten zeigte spezifische r{\"a}umliche Verteilungsmuster in den Seen, die mit vorliegenden Umweltvariablen, insbesondere dem Salzgehalt, korrelierten.  Vertiefende Analysen mit dem Fokus auf Ciliaten und Chlorophyta zeigten eine Vielfalt, die durch eine hohe Anzahl von Amplikons in den S{\"u}{\ss}wasserseen gekennzeichnet war. Des Weiteren f{\"u}hre ich eine taxonomische Beschreibungen der drei Ciliatenspezies (Frontonia alkalina sp. cand., Euplotes endoroisi sp. cand. und Condylostoma bogoriense sp. cand.) aus dem Lake Bogoria basierend auf morphologischen Merkmalen durch. Die vorliegende Arbeit gibt einen breiten {\"U}berblick {\"u}ber die molekulare Vielfalt der Protisten-Gesellschaften der f{\"u}nf untersuchten Seen, die den Bereich von S{\"u}{\ss}wasser bis mesosalin umfassen (0,3 - 34,1 {\texttenthousand} Salzgehalt). Sie zeigt die Rift Valley Seen als wichtiges Reservoir eukaryotisch-protistischer Vielfalt und macht deutlich, dass unser Verst{\"a}ndnis der Community-Struktur und molekularen Diversit{\"a}t mikrobieller Eukaryoten in diesen tropischen Seen noch begrenzt ist.},
  url = 	{https://duepublico2.uni-due.de/receive/duepublico_mods_00035882},
  file = 	{:https://duepublico2.uni-due.de/servlets/MCRFileNodeServlet/duepublico_derivate_00042237/Diss_Ongondo.pdf:PDF},
  language = 	{en}
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