Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit der Wechselwirkung von hochgeladenen Ionen mit Oberflächen. Nähert sich ein hochgeladenes Ion einer Oberfläche, wird dessen potentielle Energie in einer Kaskade von elektronischen Prozessen in der Oberfläche deponiert. Daraus resultiert eine starke elektronische Anregung in der Oberfläche, welche in einem Bereich der Größenordnung von Nanometern lokalisiert ist. Im Laufe weiterer Mechanismen kann diese Anregung zu topographischen, strukturellen oder chemischen Modifikationen des Materials in Form von Nanostrukturen führen. Während dieser Arbeit wurde eine komplette Ionenstrahlanlage aufgebaut. Diese leistet die Erzeugung, Fokussierung und Ladungsseparierung von Ionenstrahlen, wodurch Bestrahlungen von Oberflächen mit hochgeladenen Ionen ermöglicht werden. Zusätzlich wird eine neuartige Analysemethode der Strahlabmessungen und der Teilchendichte mittels Ramanmikroskopie an Graphen präsentiert. Ergebnisse aus Bestrahlungen von 2D-Materialien mit hochgeladenen Ionen bilden den zweiten Bestandteil dieser Arbeit. Sowohl auf Monolagen des Schichtsystems MoS2 als auch auf einzelnen Graphenlagen konnten Nanostrukturen nachgewiesen und analysiert werden, welche durch die potentielle Energie der Ionen erzeugt wurden. Aus den Ergebnissen konnten Prozesse der Wechselwirkung der Ionen mit den Materialien phänomenologisch abgeleitet werden. In Graphen wurden nach der Bestrahlung lokale Bereiche erhöhter Reibung mittels Friction Force Microscopy nachgewiesen. Es konnten Schwellwerte der Defekterzeugung bezüglich der potentiellen Energie ermittelt werden, welche stark von der kinetischen Energie der Ionen abhängen. Diese Abhängigkeit konnte im Rahmen des over the barrier- Modells mit der Flugzeit des Ions vor der Oberfläche verknüpft werden. Mittels Ramanmikroskopie wurden Defekte in bestrahlten Graphenproben und in freistehenden Graphenlagen analysiert. Es wurden mögliche Abhängigkeiten der Defektdurchmesser und -Art von der Lagenzahl und von der Anwesenheit eines Substrats untersucht. Es wurde nachgewiesen, dass Graphen durch den Einfall hochgeladener Ionen lokal hydriert wird. Diese chemische Modifikation führt zu einer erhöhten Reibung und ebenso zu einem Auftreten von Defektmoden im Ramansignal. Zusätzlich konnten erstmalig Ketten aus mehreren, getrennten Nanostrukturen beobachtet werden, welche von hochgeladenen Ionen in streifendem Einfall erzeugt wurden. Diese werden von einzelnen Ionen erzeugt und konnten sowohl auf Graphen als auch auf HOPG gefunden werden.